Após o golpe de estado que restauraria a independência portuguesa a 1 de dezembro de 1640, seguiu-se uma guerra com Espanha que terminaria apenas em 1668, com a assinatura de um tratado de paz em que Espanha reconhecia em definitivo a restauração de Portugal.
O final do século XVII e a primeira metade do século XVIII assistiram ao florescimento da exploração mineira do Brasil, onde se descobriram ouro e pedras preciosas que fizeram da corte de D. João V uma das mais opulentas da Europa. Estas riquezas serviam frequentemente para pagar produtos importados, maioritariamente de Inglaterra (por exemplo: quase não existia indústria têxtil no reino e todos os tecidos eram importados de Inglaterra).
O comércio externo baseava-se na indústria do vinho e o desenvolvimento económico do reino foi impulsionado, já no reinado de D. José, pelos esforços do Marquês de Pombal, ministro entre 1750 e 1777, para inverter a situação com grandes reformas mercantilistas. Foi neste reinado que um violento sismo devastou Lisboa e o Algarve, a 1 de novembro de 1755.
Por manter a aliança com a Inglaterra e recusar-se a aderir ao Bloqueio Continental, Portugal foi invadido pelos exércitos napoleónicos, por três vezes, a primeira em 1807. A Corte e a família real portuguesa refugiaram-se no Brasil e a capital deslocou-se para o Rio de Janeiro, onde permaneceriam até 1821, quando D. João VI, desde 1816 rei do Reino Unido de Portugal, Brasil e Algarves, regressou a Lisboa para jurar a primeira Constituição. No ano seguinte, o seu filho D. Pedro IV — conhecido no Brasil como D. Pedro I — era proclamado imperador do Brasil.
Portugal viveu, no restante século XIX, períodos de enorme perturbação política e social (a guerra civil e repetidas revoltas e pronunciamentos militares, como a Revolução de Setembro, a Maria da Fonte, a Patuleia, Belenzada) e só com o Acto Adicional à Carta, de 1852, foi possível a acalmia política e o início da política de fomento protagonizada no período da Regeneração, do qual foi figura de proa Fontes Pereira de Melo.
No final do século XIX, as ambições coloniais portuguesas chocam com as inglesas, o que está na origem do Ultimato de 1890.[41] A cedência às exigências britânicas e os cada vez mais comuns problemas e escândalos económicos lançam a monarquia num descrédito crescente, e D. Carlos e o príncipe herdeiro D. Luís Filipe são assassinados em 1 de fevereiro de 1908. A monarquia ainda esteve no poder durante mais dois anos, chefiada por D. Manuel II, mas viria a ser abolida em 5 de outubro de 1910, implantando-se a República.
